Переименовать файл можно с помощью метода renameTo, который вернет true или false в зависимости от успешности операции :
String fileName = "output.txt";
File file = new File(fileName);
File newfile = new File("new_output.txt");
if(file.renameTo(newfile)) {
// переименование прошло успешно
} else {
// переименование не удалось
}