Для настройки окружения проекта можно использовать (а многие так и делают) стандартные средства операционной системы. Такие, как пакетный менеджер (yum, apt), прямое редактирование конфигурационных файлов, bash-скрипты, curl/wget и многое другое.
Этот подход, с одной стороны, самый простой, но он обладает рядом недостатков, некоторые из которых критические.
Первая проблема - это отсутствие повторяемости. Обычно изменения в первую очередь делаются локально, потом их нужно перенести на рабочие машины ваших коллег, а в конце концов все изменения должны оказаться на сервере. При этом иногда вам придется пересобирать локальное окружение (по множеству причин). Такой подход всегда приводит к рассогласованию настроек на разных машинах, появляются разные версии программного обеспечения, неправильно настроенные конфиги, забытые ключи.