Для того чтобы добавить изменения в индекс (проиндексировать их), используется команда git add.
git add filename # индексируем изменения в файле
git add dirname # индексируем изменения в директории
git add . # добавляем в индекс все изменения в текущей директории
git add -i # запускаем git add в интерактивном режиме
